هناك العديد من البقع المختلفة التي يمكن استخدامها لتصور وتصوير الحمض النووي بعد فصل المادة عن طريق الرحلان الكهربائي بالهلام. من بين الخيارات العديدة ، تعتبر هذه السلالات الخمسة هي البداية الأكثر شيوعًا مع بروميد الإيثيديوم ، وهو الأكثر استخدامًا على نطاق واسع. عند العمل مع هذه العملية ، من المهم ألا تعرف فقط الاختلافات بين السلالات ولكن المخاطر الصحية الكامنة.
01 إيثيديوم بروميد
من المحتمل أن يكون بروميد الإيثيديوم هو الصبغة الأكثر شهرة المستخدمة لتصور الحمض النووي. يمكن استخدام هذه الصبغة في خليط الهلام ، في المخزن الكهربي أو لصبغة الجل بعد تشغيله. تلتصق جزيئات الصبغة بخطوط دنا وتتلألأ تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية ، وتوضح لك بالضبط أين تقع العصابات داخل الهلام. على الرغم من الميزة ، فإن الجانب السلبي هو أن بروميد إيثيديوم هو مادة مسرطنة محتملة ، لذا يجب التعامل معها بحذر شديد. بسبب المخاطر الصحية المحتملة للعمل مع هذا الجل ، تم العثور على بدائل. 02 SYBR ذهب
يمكن استخدام صبغة الذهب SYBR لصبغ الحمض النووي مزدوجة أو أحادية تقطعت بهم السبل ، أو لطخة الحمض النووي الريبي. كان SYBR Gold أحد البدائل الأولى لبروميد الإيثيديوم الذي ضرب السوق واعتبر أكثر حساسية من بروميد الإيثيديوم. تظهر الصبغة مضانًا للأشعة فوق البنفسجية أكبر بمقدار 1000 مرة عندما تكون مرتبطة بالأحماض النووية. ثم تخترق المواد الهلامية agarose نسبة سميكة وعالية ويمكن استخدامها في المواد الهلامية الفورمالديهايد. لأن مضان جزيء غير منضم منخفضة جدا ، ليست هناك حاجة إلى destaining. تحقيقات المجسات الجزيئية الحائزة على الرخصة لها أيضا (منذ إطلاق سوار SYBR Gold) تم تطويرها وتسويقها SYBR Safe و SYBR Green التي تعتبر بدائل أكثر أمانًا لبروميد الإيثيديوم.
03 SYBR الخضراء
تم تحسين بقع SYBR Green I و II (مرة أخرى ، تم تسويقها بواسطة المجسات الجزيئية) لأغراض مختلفة. ولأنها ترتبط بالحمض النووي ، فإنها لا تزال تعتبر طفرات محتملة ، وبسبب ذلك ، ينبغي التعامل معها بحذر. SYBR Green I أكثر حساسية للاستخدام مع الحمض النووي المزدوج الشريطة ، في حين أن SYBR Green II ، من ناحية أخرى ، هو الأفضل للاستخدام مع الحمض النووي أحادي الجديلة أو الحمض النووي الريبي. مثل بقعة إثيديوم بروميد الشهيرة ، تتأجج هذه البقع الحساسة للغاية تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية. 04 SYBR آمن
تم تصميم SYBR Safe ليكون بديلاً أكثر أمانًا لبروميد الإيثيديوم وبقع SYBR الأخرى. لا يعتبر نفايات خطرة ويمكن التخلص منها بشكل عام من خلال أنظمة الصرف الصحي العادية (أي نزيف الصرف) ، لأن اختبار السمية يشير إلى عدم وجود سمية حادة. كما يشير الاختبار إلى وجود سمية جينية ضئيلة أو معدومة على خلايا الأجنة البشرية (SHE) ، والخلايا الليمفاوية البشرية ، وخلايا سرطان الغدد الليمفاوية ، وفي اختبار AMES. يمكن استخدام البقعة باستخدام جهاز transilluminator ذي الضوء الأزرق الذي يسبب تلفًا أقل في الحمض النووي ، كما أنه يوفر كفاءة أفضل للاستنساخ في وقت لاحق. 05 إيفا جرين
إيفا غرين هي صبغة الفلورسنت الخضراء التي تم العثور عليها لتثبط PCR إلى حد أقل من الأصباغ الأخرى. هذا يجعلها مفيدة جدا للتطبيقات مثل PCR الوقت الفعلي الكمي. كما أنه خيار جيد إذا كنت تستخدم نقاط جل ذات درجة انصهار منخفضة لاستعادة الحمض النووي. وهو مستقر للغاية عند درجات الحرارة المرتفعة وله مضان منخفض للغاية من تلقاء نفسه ، ولكنه شديد الفلورسنت عند الارتباط بالحامض النووي. وقد ثبت أيضا أن إيفا جرين لديها سمية خلوية أو طفرات منخفضة للغاية أو لا.